北魏建国后，利用各地宗主管理地方。宗主是一些大大小小的割据势力。荫户多数没有户籍，属于宗主的私家人口，国家不能征调，也不能干预。显然这不是长久之计。
公元486年创建“三长制”，取代“宗主督护制”，规定五家为邻，设一邻长；五邻为里，设一里长；五里为党，设一党长。三长制与“均田制”相辅而行。三长的职责是检查户口，征收租调，征发兵役与徭役。任三长者，可免一至二人的官役。三长直属州郡。从此，中央管理到达基层，“以大督小，从近及远，如身之使手，干之总条”。
“三长制”使荫户成为国家的编户，实质上是与豪强地主争夺户口和劳动力。因此，又引起鲜卑贵族的反对。不过，三长还得从大族豪强中产生，他们不仅本人可以享受免征特权，亲属中还有1-3人可以享受同样待遇，因此反对不太强烈。自耕农大量增加，国家赋税收入增加，农民负担则有所减轻，促进了北魏后期社会经济的恢复和发展。后来，“三长制”成为北齐、隋、唐时期的乡里组织。
虽然三长制在实行的过程中，三长还是从大族豪强中产生，他们不仅本人可以享受免于征戍的特权，而且亲属中也有一至三人可以得到同样待遇。但较之宗主督护制，三长制毕竟是一种历史的进步。三长制的建立，打破了豪强荫庇户口的合法性。实行后，国家赋税收入增加，农民赋税负担有所减轻。北魏后期社会经济明显的恢复和发展，与三长制的实施有密切关系。北魏的三长制后来成为北齐﹑隋时期乡里组织的基础，影响深远。
